Le Département entretient depuis toujours, un partenariat étroit avec l’ensemble des organisations agricoles afin de contribuer au développement de ce secteur économique fondamental. Ce soutien reste un axe fort de sa politique en faveur de l'agriculture.

Depuis 2005, le Département a engagé une politique de contractualisation. Il soutient les actions de développement dans les domaines de l'élevage, de la viticulture, de la transformation à la ferme.

Il apporte également une aide aux différents projets de recherche et de développement des flières telles que le Pôle laitier de Fontaines, le Pôle ovin de Charolles, le Pôle viticole et le Centre fromager de Davayé, l'Institut charolais.

Enfin, il met à disposition un outil de promotion et de développement, la Maison du charolais, un outil technique, le Laboratoire départemental d'analyses, et un outil spécifique au service du cheval, Équivallee Cluny.

Par ailleurs, il soutient activement, par l’intermédiaire de son aide aux actions en faveur de l’agriculture, tout projet d’animation rurale à vocation agricole directe ou indirecte (foires agricoles, concours, manifestations hippiques, etc ...).

Dans une région agricole comme la Saône-et-Loire, l’importance de l’activité agricole et son extrême diversité reste un atout économique et social de premier plan.

Afin de conforter l’ensemble des productions et des filières dans un contexte économique national, européen et mondial particulièrement déstabilisant, le Conseil général de Saône-et-Loire soutient les filières susceptibles d'obtenir un signe officiel de qualité (label rouge, AOC et agriculture biologique).

Cette politique dynamique, souvent de longue halène, a porté ses fruits en 2010 puisqu'elle a contribué à l'obtention de nouvelles AOC : fromage de chèvre charolais, l'avis favorable de l'INAO pour le boeuf de charolles et une avancée du dossier d'AOC beurre et crème de bresse.

Cette nouvelle et ces futures AOC viennent conforter la politique de production de qualité en Saône-et-Loire déjà reconnue par les AOC "Fromages de chèvre mâconnais", "Poulet de bresse" et les nombreuses appellations viticoles.

Sur la période 2005-2009, le Département a participé activement aux financements des différents dispositifs et plus particulièrement au PMBE (Plan de modernisation des bâtiments d'élevage) qui a permis la modernisation d'un millier d'exploitations d'élevage.

Par ailleurs, avec sa politique dynamique en la matière, le Département a participé à la gestion des effluents viticoles. Grâce à ce dispositif, les bassins versants concernés (Arlois, Petite Grosne, La Cozanne, la Corne ...) voient régulièrement leurs  qualités sanitaires et environnementales s'améliorer.

Le Département de Saône-et-Loire participe activement depuis longtemps à la politique sanitaire en faveur de l’élevage, aussi bien par ses propres services techniques (Laboratoire départemental d’analyses) que par ses aides financières attribuées aux organisations agricoles en charge de ce secteur, principalement le Groupement départemental de défense sanitaire (GDS), aux vétérinaires en charge de la prophylaxie animale et aux éleveurs.

Partant du principe que toute politique sanitaire doit être concertée, globale et pérenne, l’action du Conseil général s’appuie sur des structures qu’il cherche à renforcer et au travers de plans pluriannuels faisant l’objet de discussions avec ses partenaires.

Pour les prophylaxies volontaires, l’éradication de certaines maladies non reconnues comme légalement réputées contagieuses, le Conseil général participe financièrement aux plans de prophylaxie élaborés par les professionnels au travers de prises en charge des frais d’analyses de prélèvements.

Enfin, une aide particulière est attribuée aux éleveurs en difficulté en raison d’une atteinte pathologique et sanitaire grave de leur cheptel.

L’ensemble de ces actions contribue au bon état sanitaire de l'ensemble du cheptel départemental.